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Em 1994, a Unidade de Ensino de Pato Branco incorporou a FUNESP (Fundação de Ensino Superior de Pato Branco), a pedido do então Prefeito Municipal e políticos da região ao Ministro de Estado da Educação e do Desporto, ocorrendo assim, a federalização da Faculdade de Ciências e Humanidades de Pato Branco. A transferência da administração e do patrimônio da FUNESP ao CEFET-PR alterou significativamente a estrutura política-pedagógica dessa Instituição, uma vez transformada em CEFET e, também deste, pois assumiu cursos de terceiro grau em áreas não exclusivamente vinculadas ao setor empresarial, sua maior característica. A incorporação pelo CEFET-PR/Unidade de Pato Branco dos cursos de 3º. grau da Fundação Municipal possibilitou visível melhoria na qualificação formal do corpo docente, bem como nas condições de trabalho, tanto no que se refere à implementação de laboratórios, material didático-pedagógico, como no que se refere à carga horária disponível para preparação de aulas e atividades acadêmicas. Assim, a partir de 1994, passaram a formar o rol de cursos oferecidos pelo CEFET – PR, os cursos superiores pioneiros de Pato Branco – Administração e Ciências Contábeis - e também Agronomia, Ciências com Habilitação em Matemática e Tecnologia em Processamento de Dados. Inicia também, em 1994, o curso de Eletromecânica, ampliando a oferta de vagas nos Cursos Técnicos de 2º grau.
No período entre 1995/96, o Curso de Ciências com Habilitação em Matemática, através de proposta da Coordenação, aprovada pelo Conselho Diretor, é transformada em Licenciatura em Matemática. Em 1997, houve a última entrada de alunos para as turmas de Técnico de 2º Grau em Edificações, Eletrônica e Eletromecânica. Em contrapartida, passa-se a oferecer o Ensino Médio, com entrada das primeiras turmas também através de teste seletivo, em 1998.
O ano de 1999 é marcado pelo início dos Cursos Superiores em Tecnologia, cuja implantação determinou o gradativo encerramento dos Cursos Técnicos de 2º Grau. Surgem assim os cursos de tecnologia nas áreas de construção Civil, Eletromecânica e Informática, que ao longo de sua história tiveram seus nomes readequados, sendo, atualmente, denominados de Cursos Superiores de Tecnologia em Automação Industrial, Gerência de Obras, Manutenção Industrial e Sistemas de Informação.
O Curso Superior de Tecnologia de Química foi implantado em 2000. Hoje, sob a nomenclatura de Tecnologia em Controle de Processos Químicos forma profissionais capacitados principalmente para atuação nas áreas de madeira, metalurgia e alimentos.
O mês de setembro de 2003 traz a confirmação de duas ações anteriormente iniciadas em conjunto com as comunidades envolvidas. A primeira é a divulgação no Diário Oficial da União da Portaria nº 2360, de 03/9/03, assinada pelo Ministro da Educação, transferindo a gestão e manutenção da UNED-Dois Vizinhos-PR, anteriormente realizada pela Escola Agrotécnica de Rio do Sul, para o CEFET-PR. Passando-se assim ao compartilhamento de ações administrativas e pedagógicas entre as duas Unidades Pato Branco e Dois Vizinhos. Dessa forma, o CEFET-PR, através desta nova unidade passa a oferecer Cursos Técnicos de Nível Médio – Modalidade Subseqüente em Agricultura e Zootecnia.
Na seqüência das boas-novas de setembro de 2005, houve a assinatura pelo Ministro da Educação, da mensagem de Encaminhamento do Projeto de Lei para transformação do CEFET-PR em UTFPR, marcando um grande avanço no processo iniciado em 1997, quando se lançou a idéia.
Processo esse que culmina com a publicação no Diário Oficial da União, da Lei nº 11.184, de 07 de outubro de 2005, transformando o CEFET-PR em Universidade Tecnológica Federal do Paraná – UTFPR. Mais um marco na história da instituição.
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O curso de licenciatura em Matemática do Campus Pato Branco, teve seu inicio como curso de Ciências com Habilitação em Matemática, e era ministrado na FUNESP, entidade de ensino superior de Pato Branco, mas em 1994 com a incorporação da FUNESP pelo então CEFET PR, o curso passou por uma reforma curricular sendo transformado em 1996 em Curso de licenciatura em matemática.
Em 1999, o processo de reconhecimento do Curso gerou uma visita in loco nos dias 6 à 7 de abril de 2000, concluindo uma série de recomendações, especialmente relativas à Estrutura Didático Pedagógica e Curricular.
Em 2000, um novo Projeto de modificações curriculares foi elaborado, atendendo às recomendações do Relatório de Avaliação da Comissão de Especialistas do MEC, que foi aprovado neste mesmo ano, pelo Conselho de Ensino. A partir dessa data, o Curso passou a ter a forma que tem hoje, conferindo ao egresso Habilitação Plena para o Ensino da Matemática no Ensino Fundamental e Médio.
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